电子印章的应用离不开数字证书，它是标识网络用户身份信息的一系列数据，用来在网络通讯中识别通讯各方的身份，即要在Internet上解决“我是谁”的问题。由于数字证书自身的特性，世界上不可能出现完全一样的数字证书，从根本上确保证书持有者的唯一性。数字证书包含私钥和公钥，电子印章系统用私钥对数据进行签名，用公钥用来验证签名人身份。

    数字证书是由数字证书认证机构（简称CA）颁发的，CA是颁发、管理和废除数字证书的机构，它的作用是确保签章身份的真实性，防止对签章的否认和抵赖。CA是社会中权威的信用机构，各企业可以向其申请数字证书，然后通过电子印章系统就能安全的进行电子政务和商务活动了。

    因为是利用数字证书的私钥来签名，所以私钥的安全性非常重要，通常的做法是将私钥存储在USBKey中，USBKey也叫智能卡或集成电路卡，内含CPU，能进行签名加密运算，而不使用计算机的CPU，这样做的好处是签名加密更加安全，而不用担心被计算机中的恶意程序所侵入；内含安全存储器，能够存储私钥和电子印章，确保其不被非法窃取。USBKey外形酷似U盘，便于携带和使用，签章时插入USBKey，输入私钥密码就可以加盖自己的电子印章了。

    数字签名有不同的算法，国际最著名的是RSA非对称加密算法，如果是1024位加密，实际破译的概率是零，要经过10的19次方次的运算才能破译，这个运算量需要集中全世界现有的计算机计算上百年才能完成。所以数字签名所采用的算法及加密的长度是十分重要的。

    由于客户需求的不同，目前市场上涌现出了许多不同的电子印章系统。

    智能文档印章：在版式文件上签章，支持任意格式文档。

    Office文档印章：在Word和Excel中签章。

    网页表单印章：在网页（表单）上签章，如Html、ASP、JSP或PHP。